Instalación de Software

Introducción

Este es el manual para la instalación de los programas que se utilizarán durante el curso Patrones filogenéticos: macroevolución y adaptación. Los programas seleccionados son herramientas esenciales para el desarrollo de análisis y actividades dentro del curso.

Los programas a instalar incluyen:

  • Visual Studio Code: Un editor de código versátil y personalizable.
  • R y RStudio: Software estadístico y su entorno integrado para análisis y visualización de datos.
  • RevBayes: Herramienta para realizar análisis bayesianos avanzados en filogenética.
  • BAMM (Bayesian Analysis of Macroevolutionary Mixtures): Programa diseñado para explorar dinámicas macroevolutivas, como tasas de diversificación y evolución de rasgos.

A continuación, se presentan las instrucciones detalladas para instalar y configurar cada uno de estos programas, asegurando que los participantes cuenten con todas las herramientas necesarias para aprovechar al máximo el curso.

Visual Studio Code

Descripción

Visual Studio Code (VS Code) es un editor de código fuente ligero pero potente, desarrollado por Microsoft. Es compatible con varios lenguajes de programación y ofrece características como autocompletado de código, depuración integrada, control de versiones con Git y una amplia variedad de extensiones que permiten personalizar y ampliar su funcionalidad.

Pasos de instalación

  1. Descargar el instalador:

  2. Ejecutar el instalador:

    • Localiza el archivo descargado (por lo general, estará en la carpeta Descargas).
    • Haz doble clic en el archivo para iniciar el asistente de instalación.

  3. Configurar las opciones de instalación:

    • Acepta los términos y condiciones.
    • Elige una carpeta de instalación o deja la predeterminada.
    • Selecciona las opciones adicionales como:
      • Crear un ícono en el escritorio.
      • Agregar “Code” al menú contextual para abrir archivos y carpetas.
      • Registrar el programa como editor por defecto de ciertos archivos.

  4. Completar la instalación:

    • Haz clic en “Instalar”.
    • Espera a que el proceso finalice y haz clic en “Finalizar” para abrir Visual Studio Code.

R y RStudio

Descripción

R es un lenguaje de programación y software para el análisis estadístico y la visualización de datos. RStudio es un entorno de desarrollo integrado (IDE) que facilita trabajar con R gracias a su interfaz amigable y herramientas adicionales como depuración de código, manejo de proyectos y soporte para Markdown.

Pasos de instalación

Instalación de R

  1. Descargar el instalador:
    • Ve al sitio oficial de CRAN: https://cran.r-project.org/.
    • Selecciona “Download R for Windows” y luego “base”.
    • Haz clic en el enlace para descargar el instalador más reciente.
  2. Ejecutar el instalador:
    • Localiza el archivo descargado y haz doble clic para ejecutarlo.
    • Sigue las instrucciones del asistente, aceptando los valores predeterminados a menos que necesites personalizar la instalación.
  3. Completar la instalación:
    • Haz clic en “Finalizar” al terminar el proceso.

Instalación de RStudio

  1. Descargar el instalador:
  2. Ejecutar el instalador:
    • Localiza el archivo descargado y haz doble clic para ejecutarlo.
    • Sigue las instrucciones del asistente de instalación.
  3. Completar la instalación:
    • Haz clic en “Finalizar” al terminar el proceso.

RevBayes

Descripción

RevBayes es un software diseñado para realizar análisis filogenéticos avanzados utilizando métodos bayesianos. Ofrece flexibilidad para modelar procesos evolutivos complejos y es ampliamente utilizado en investigaciones de filogenética y macroevolución.

Para instalar RevBayes en Windows, utilizaremos Ubuntu mediante Windows Subsystem for Linux (WSL).

1. Verificar si la virtualización está habilitada

  1. Abrir el Administrador de Tareas:

    • Presiona Ctrl + Shift + Esc para abrir el Administrador de Tareas.

    • Ve a la pestaña Rendimiento y selecciona CPU.

    • En la esquina inferior derecha, verifica si la opción “Virtualización” está habilitada.

  2. Habilitar la virtualización (si está deshabilitada):
    • Reinicia tu computadora y accede al BIOS/UEFI.
    • Para procesadores Intel, busca una opción como “Intel Virtualization Technology” o “VT-x” y actívala.
    • Para procesadores AMD, busca “SVM Mode” o una opción similar y actívala.
    • Guarda los cambios y reinicia.

2. Verificar si WSL está instalado y actualizado

  1. Abrir PowerShell como administrador

    • Presiona Win + X y selecciona “Windows PowerShell (Admin)”.

    • Ejecuta el siguiente comando para verificar si WSL está instalado y funcionando:

      wsl --status

    • Si el comando muestra un error o indica que WSL no está disponible, sigue el Paso 3 para instalarlo desde cero.

    • Si WSL ya está habilitado, pasa al Paso 4 para actualizarlo y asegurarte de que esté en la versión 2.

3. Instalar WSL desde cero (si no está disponible)

Si wsl --status muestra un error, sigue estos pasos para habilitar WSL desde cero:

  1. Abrir PowerShell como administrador y ejecutar los siguientes comandos:

    dism.exe /online /enable-feature /featurename:Microsoft-Windows-Subsystem-Linux /all /norestart
dism.exe /online /enable-feature /featurename:VirtualMachinePlatform /all /norestart

  2. Reiniciar la computadora para aplicar los cambios.

  3. Verificar la instalación:

    • Ejecuta nuevamente:

      wsl --status

    • Si el comando muestra que WSL está instalado correctamente puedes proceder con el paso 4.

4. Actualizar WSL y establecer la versión por defecto

Si WSL ya estaba habilitado, sigue estos pasos para actualizarlo y asegurarte de que esté en la versión 2:

  1. Actualizar el kernel de WSL 2 (en caso de que se necesite)

    • Descarga la actualización oficial desde Microsoft: Descargar actualización de WSL-2
    • Guarda el archivo wsl_update_x64.msi en tu computadora.
    • Ejecuta el archivo descargado y sigue las instrucciones de instalación.
    • Una vez instalado, reinicia tu computadora.

  2. Configurar WSL para usar la versión 2

    • Abre PowerShell como administrador y ejecuta:

      wsl --set-default-version 2

    • Esto asegurará que todas las distribuciones nuevas de Linux usen WSL 2 por defecto.

  3. Instalación de Ubuntu:

    • Una vez reiniciado el equipo, abre PowerShell como administrador y ejecuta:

      wsl --install -d Ubuntu

    • Esto instalará automáticamente WSL2 y descargará la distribución de Ubuntu más reciente,

    • En caso de que no se instale, descarga Ubuntu (se recomienda la versión 22.04) desde la aplicación de Microsoft Store e instálala manualmente.

  4. Establecer el usuario por defecto en WSL

    • Asegúrate de que WSL esté configurado para que siempre uses tu usuario por defecto y no root:

      wsl -d Ubuntu --user tu_usuario

    • Si no recuerdas que verion de Ubuntu tines instalada, usa:

      wsl -l -v

    • Si no recuerdas tu usuario en WSL, usa:

      whoami

  5. Configurar Ubuntu:

    • Abre Ubuntu desde el menú de inicio.

    • Crea un nombre de usuario y contraseña cuando se te solicite.

  6. Acceder a la carpeta de usuario de Windows:

    • Verifica si la ruta existe:
    ls "/mnt/c/Users/"
    • Verifica tu nombre de usuario:
    ls "/mnt/c/Users/mi_usuario"
    • Crear un alias en ~/.bashrc:
    nano ~/.bashrc
    • Agrega esta línea al final del archivo:
    alias homepatron='cd "/mnt/c/Users/mi_usuario"'
    • Guarda (CTRL + X, luego Y y Enter) y actualiza:
    source ~/.bashrc
    • Ahora podrás ejecutar:
    homepatron

Instalar RevBayes en Ubuntu

  1. Actualizar paquetes:

    • Ejecuta:

      sudo apt update && sudo apt upgrade -y
  2. Descargar RevBayes:

    • Usa el siguiente comando para descargar la versión 1.2.5:

      wget https://github.com/revbayes/revbayes/releases/download/v1.2.5/revbayes-v1.2.5-linux64.tar.gz
  3. Instalar RevBayes:

    • Extrae el archivo descargado y navega a la carpeta:

      tar -xzf revbayes-v1.2.5-linux64.tar.gz
cd revbayes-v1.2.5/bin

    • Haz que el ejecutable sea ejecutable:

      chmod +x rb
  4. Agregar RevBayes al PATH:

    • Para que rb esté disponible en cualquier sesión de Ubuntu, agrega su ruta al archivo ~/.bashrc:

      echo 'export PATH="$HOME/revbayes-v1.2.5/bin:$PATH"' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

    • Esto permitirá ejecutar rb desde cualquier directorio en futuras sesiones de terminal.

  5. Verificar la instalación:

    • Ejecuta el programa:

      rb

    • Deberías ver la interfaz de línea de comandos de RevBayes.

BAMM

Descripción

BAMM es un software diseñado para analizar tasas de diversificación y evolución de rasgos en filogenias de gran tamaño. Utiliza métodos bayesianos para estimar patrones heterogéneos de evolución y es ampliamente utilizado en estudios de macroevolución.

Instalación de BAMM en Ubuntu (WSL o nativo)

  1. Actualizar el sistema y dependencias:

    • Ejecuta los siguientes comandos para asegurarte de que el sistema esté actualizado y las dependencias necesarias estén instaladas:

      sudo apt update && sudo apt upgrade -y
sudo apt install git build-essential cmake libgsl-dev -y
  2. Clonar el repositorio de BAMM:

    • Clona el repositorio oficial de BAMM desde GitHub:

      git clone https://github.com/macroevolution/bamm.git
  3. Crear el directorio de compilación:

    • Navega al directorio raíz del proyecto, crea un directorio llamado build y accede a él:

      cd bamm
mkdir build
cd build
  4. Compilar BAMM:

    • Ejecuta los siguientes comandos para compilar BAMM:

      cmake ..
make -j

    • El ejecutable final se generará con el nombre bamm dentro del directorio build.

  5. Agregar BAMM al PATH:

    • Para que el ejecutable bamm esté disponible desde cualquier directorio, agrega su ruta al archivo ~/.bashrc:

      echo 'export PATH="$HOME/bamm/build:$PATH"' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

    • Esto asegurará que puedas ejecutar bamm desde cualquier lugar en futuras sesiones.

  6. Verificar la instalación:

    • Asegúrate de que BAMM esté correctamente instalado ejecutando:

      bamm -h

    • Deberías ver la pantalla de ayuda de BAMM.