TUNÉAME MI ÁRBOL

Author

Dra. Karen López y Dr. Cristian Cervantess

Published

October 20, 2025

Este taller se imparte por parte de la UniSSE en el marco del Simposio de Estudiantes 2025, organizado por el Instituto de Biología de la UNAM 🎓🌿.

El taller está dirigido a personas interesadas en la visualización y personalización de árboles filogenéticos en R. A lo largo de la sesión se revisarán los fundamentos de los árboles evolutivos 🌱, los formatos más utilizados 📂 y las principales herramientas para manipular y enriquecer su representación gráfica.

Con el apoyo de paquetes como ggtree, ape 🐒 y treeio, las y los participantes aprenderán a:

📖 Leer, manipular y explorar árboles filogenéticos.
🔗 Integrar datos asociados a los taxa para enriquecer la visualización.
🎨 Personalizar estilos, colores, etiquetas y escalas evolutivas.
📤 Exportar y compartir gráficos de alta calidad para presentaciones y publicaciones.

💻 Requisitos:
Es necesario contar con conocimientos básicos de R y tener instalado R y RStudio en su computadora para seguir las prácticas.

📦 Paquetería necesaria en R

Antes de comenzar, asegúrate de tener instalados los siguientes paquetes:

install.packages(c(
  # Esenciales y filogenia
  "tidyverse","ape","phytools","tidytree",
  # Figuras y anotación
  "patchwork","gridExtra","ggrepel","ggtext","ggnewscale","ggimage",
  # Tiempo geológico
  "deeptime",
  # Exportación alta calidad
  "ragg","svglite","Cairo","systemfonts","textshaping",
  # Utilidades
  "magick","here"
))

Y desde Bioconductor para ggtree y treeio:

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install(c("ggtree", "treeio"))

🧪 Datos para el taller

Descargar los datos que utilizaremos durante el taller.

Archivo	Descripción	Descargar
`raxml_cox1_Stenopelmatus.tre`	Árbol ML (RAxML)	📥 Descargar
`stenopelmatus.csv`	Metadatos y etiquetas	📥 Descargar
`Beast_Stenopelmatinae_cox1.tre`	Árbol BEAST	📥 Descargar
`matriz_WW_NW_regiones_colorES.csv`	Matriz regiones + colores	📥 Descargar
`wings.png`	Ícono/imagen de alas	📥 Descargar