Ejercicios
Ejercicio — Árbol enraizado (A, B, C; D outgroup), no ultramétrico
1) En formato Newick:
Escribe un árbol enraizado, no ultramétrico, con 4 taxones A, B, C y D como outgroup.
Incluye longitudes de rama en centímetros y soportes en los nodos internos.
Datos:
Longitudes de ramas (cm)
Puntas: A = 4, B = 2, C = 5, D = 6
Internas: (A,B) = 2, ((A,B),C) = 2
Soportes (bootstrap)
Nodo (A,B): 95
Nodo ((A,B),C): 90
2) Ahora dibújalo a mano en cm:
Con una regla, traza cada rama exactamente con su longitud en centímetros.
Añade una barra de escala que diga: “1 unidad = 1 cm”.
3) Ahora en R: exporta el árbol en formato Newick y dibújalo con ggtree.
4) Genera una tabla .csv con metadatos y úsalos en el plot.
Requisito: la tabla debe tener columnas label, genero, especie, grupo, y debe coincidir con el árbol (labels A–D).
A — Dahlia pinnata — planta con flor
B — Rosa chinensis — planta con flor
C — Pinus cembroides — conífera
D — Pteridium aquilinum — helecho