R Markdown

🧾 ¿Qué es Markdown?

Markdown es un lenguaje de marcado simple para escribir texto con formato usando símbolos claros (por ejemplo # para títulos, * para énfasis, - para listas). Es ideal para notas, reportes y documentación porque:

  • se lee como texto plano (sin depender de un editor),

  • se convierte fácilmente a HTML/PDF/Word,

  • mantiene el contenido separado del estilo (tú decides el formato al exportar).

R Markdown: te permite mezclar texto + código R en el mismo archivo (.Rmd). Cuando le das Knit, ejecuta el código, inserta tablas/figuras y genera un reporte reproducible.

📄 Trabajar el taller en un único archivo R Markdown (.Rmd)

🎯 Objetivos

  • Usar un solo archivo .Rmd para llevar todo el taller (bitácora ejecutable).

  • Documentar con texto y generar figuras/tablas automáticamente.

  • Exportar reportes HTML/PDF/Word.

  • Controlar tamaño y calidad (DPI) de las imágenes desde cada chunk.

🗂️ Estructura mínima sugerida

./
├─ data/     # tablas u otros insumos
├─ trees/    # NEWICK/NEXUS/BEAST
├─ figs/     # figuras exportadas
├─ output/   # tablas/objetos generados
└─ Taller_PimpMyTree.Rmd

Crear carpetas (opcional, desde R):

for (d in c("data","trees","figs","output")) dir.create(d, showWarnings = FALSE)

📝 Crear el archivo .Rmd

  1. RStudio → File → New File → R Markdown…

  2. Title: Túneame mi Árbol — Taller · Output: HTML

  3. Guarda como Taller_PimpMyTree.Rmd en la carpeta raíz.

Plantilla (copiar/pegar)

---
title: "Túneame mi Árbol — Taller"
author: "Nombre del alumno"
date: "2025-09-22"
output: html_document
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🧱 ¿Qué es un chunk en R Markdown?

Un chunk (bloque de código) es una sección de tu .Rmd que contiene código ejecutable.
Se escribe entre tres comillas invertidas (```) y un encabezado con el lenguaje y opciones:

{r nombre-opcional, opcion1=valor1, opcion2=valor2}
# aquí va tu código R
  • r → lenguaje (puede ser python, bash, etc., pero aquí usamos R).
  • nombre-opcional → etiqueta única del chunk (útil para caché, nombres de figuras).
  • opcion=valor → controles de ejecución, mensajes y figuras.

Este encabezado lo utilizaremos en las siguientes secciones:

{r, message=FALSE, warning=FALSE, fig.width=14, fig.height=12, dpi=300}

🔧 ¿Qué hace cada opción?

  • message=FALSE
    Oculta mensajes (p. ej., los mensajes de carga de paquetes). Limpia el reporte.

  • warning=FALSE
    Oculta warnings (advertencias). Útil para que el documento no se llene de texto,
    pero durante el desarrollo conviene dejarlos visibles para depurar.

  • fig.width=14, fig.height=12
    Tamaño del lienzo en pulgadas. 1″ = 25.4 mm

  • dpi=300
    Resolución, 300 dpi es estándar de impresión

  • echo = FALSE (opcional, por si la quieres usar)
    Oculta el código del chunk y muestra solo la salida/figuras.