Notas: VS Code + Git/GitHub en servidor

Conectarse a un servidor desde Visual Studio Code (Remote - SSH)

En esta parte configuraremos VS Code para conectarnos a un servidor vía SSH usando la extensión Remote - SSH.

1) Instalar la extensión

  1. Abre VS Code.
  2. Ve a Extensions (ícono de cuadritos) o presiona Cmd + Shift + X.
  3. Busca e instala: Remote - SSH (Microsoft).

2) Abrir la paleta de comandos

En macOS:

  • Presiona Cmd + Shift + P

En Windows y Linux:

  • Presiona Ctrl + Shift + P

3) Conectar por primera vez y configurar el Host

  1. En la paleta, escribe: Remote-SSH: Connect to Host..
  2. Selecciona: Configure SSH Hosts..
  3. Elige el archivo de configuración:
  • /Users/usuario/.ssh/config
    (equivalente a ~/.ssh/config)
  1. Agrega una entrada como esta (reemplaza IP/usuario):
Host clase_bioinfo_IB 
  HostName IP_O_DOMINIO
  User USUARIO
  Port 22
  1. Guarda el archivo.

4) Conectarse al servidor

  1. Abre de nuevo la paleta (Cmd + Shift + P o Ctrl + Shift + P)

  2. Ejecuta: Remote-SSH: Connect to Host..

  3. Selecciona: clase_bioinfo_IB

  4. VS Code te preguntará el tipo de sistema remoto (si aparece): elige Linux

  5. Si es la primera vez, puede pedir confirmar la huella (fingerprint) del servidor: acepta (Continue).

  6. Igresa la contraseña de SSH cuando te la solicite.

Cuando conecte, VS Code abrirá una nueva ventana indicando que estás trabajando en el servidor (en la esquina inferior izquierda se verá SSH: clase_bioinfo_IB).

Git en terminal (uso personal, sin subir a GitHub)

En esta sección usaremos Git solo de manera local para llevar control de versiones de un proyecto en un servidor. No es necesario crear un repositorio en GitHub ni compartirlo: puede quedarse solo para ti.

1) Crear una carpeta de proyecto

mkdir mi_proyecto
cd mi_proyecto

2) Inicializar Git en la carpeta

git init

3) Revisar el estado

git status

4) Crear un archivo README.md

touch README.md

5) Revisar el estado

git status

6) Agregar cambios (staging)

Agregar todo lo nuevo/modificado:

git add .

Verifica de nuevo:

git status

7) Guardar un punto del historial (commit)

git commit -m "Primer commit: inicio del proyecto"

8) Confirmar el historial

git log --oneline

Nota: Puedes repetir este ciclo tantas veces como quieras:

editar → git add → git commit

Esto te permite regresar a versiones anteriores y documentar tu avance, aunque el proyecto nunca se publique.

9) Agregar contenido al README.md

echo "# Hola Mundo" > README.md

10) Revisar qué cambió (opcional)

git status
git diff

11) Guardar el cambio en Git (segundo commit)

git add README.md
git commit -m "Agrego título al README"

12) Ver el historial (dos commits)

git log --oneline

Regresar al primer commit

Solo ver cómo estaba (sin cambiar nada): checkout tempora

git checkout 3213551

Para volver a tu rama (master):

git checkout master

Configuración de Git y acceso seguro a GitHub (SSH)

1) Configurar tu identidad de Git (una sola vez)

git config --global user.name "nombre de usuario"
git config --global user.email "tu_correo@dominio.com"

Verifica:

git config --global --list

2) Crear tu llave SSH para GitHub

Crear llave (recomendado: ed25519):

ssh-keygen -t ed25519 -C "tu_correo@dominio.com"

  • Cuando pregunte ruta, puedes dejar la default: ~/.ssh/id_ed25519

  • Passphrase: Enter

3) Cargar la llave en el ssh-agent

eval "$(ssh-agent -s)"
ssh-add ~/.ssh/id_ed25519

Confirmar:

ssh-add -l

4) Copiar la llave pública y pegarla en GitHub

Imprime tu llave pública:

cat ~/.ssh/id_ed25519.pub

Luego en GitHub:

  • Settings → SSH and GPG keys → New SSH key

  • Pega el contenido completo (una sola línea)

  • Ponle un título tipo: servidor_clase_intro_bioinfo

5) Probar la conexión con GitHub

ssh -T git@github.com

  • La primera vez te pedirá confirmar el fingerprint → escribe yes.

  • Debe responder algo como “successfully authenticated”.

Clonar un repositorio de GitHub (propio) y subir cambios

1) Clonar el repositorio

cd ~
git clone https://github.com/cristoichkov/tareas_intro_bash_bioinfo.git
cd tareas_intro_bash_bioinfo

2) Crear un archivo y agregar contenido

echo "de mi serviodr a mi github" > prueba.txt

3) Revisar cambios

git status
git diff

4) Registrar el cambio (add + commit)

git add prueba.txt
git commit -m "Agrego prueba.txt desde el servidor"

5) Subir a GitHub (push)

git push

Actualizar mi repositorio local desde GitHub (pull)

Si ya tienes el repositorio clonado en tu computadora y en GitHub hubo cambios, puedes actualizar tu copia local así:

1) Entrar a la carpeta del repositorio

cd tareas_intro_bash_bioinfo

2) Descargar y aplicar los cambios desde GitHub

git pull