Manual de usuario BEAGLE

Servidor de cómputo para bioinformática

Author

IB-UNISSE

Published

September 5, 2026

Manual de usuario BEAGLE

Guía práctica para ingresar al servidor, organizar archivos, usar software bioinformático mediante Apptainer y enviar análisis al sistema de colas con Slurm.

Bienvenida

BEAGLE es una infraestructura de cómputo compartida para apoyar análisis bioinformáticos, filogenómicos y otros procesos computacionales utilizados por la comunidad académica del Instituto de Biología, UNAM.

Este manual está diseñado como una guía rápida de uso práctico de BEAGLE. Su objetivo es que las personas usuarias puedan comenzar a trabajar en el servidor de forma ordenada, segura y reproducible, desde el acceso inicial por SSH hasta el envío de trabajos mediante Slurm.

NoteAlcance de este manual

Este manual no pretende ser un curso completo de programación, Linux o Bash. Su propósito es servir como una guía práctica para el uso cotidiano de BEAGLE.

Si te interesa una formación más completa, puedes consultar el curso de posgrado en Ciencias Biológicas Introducción a la programación para bioinformática con Bash, impartido por el Dr. Cristian Cervantes y el M. en I. Mauricio Morgado.

Sitio del curso: https://ib-unisse.github.io/intro_bash_bioinfo/

No es necesario leer todo el manual de una sola vez. Puedes avanzar por secciones según lo que necesites hacer: conectarte al servidor, transferir archivos, usar la terminal, cargar software, trabajar con contenedores o enviar análisis a la cola de cómputo.

¿A quién está dirigido?

Este manual está dirigido principalmente a estudiantes, personal académico, técnico y personas usuarias que realizan análisis en BEAGLE.

Puede ser útil para quienes:

  • ingresan por primera vez al servidor;
  • necesitan transferir archivos desde su computadora;
  • quieren aprender comandos básicos de Linux;
  • requieren instalar o usar software bioinformático;
  • desean ejecutar análisis mediante contenedores de Apptainer;
  • necesitan enviar trabajos usando Slurm;
  • buscan organizar mejor sus proyectos y resultados.

¿Qué aprenderás en este manual?

Al terminar las secciones principales, deberías poder:

  • conectarte al servidor usando ssh;
  • cambiar tu contraseña inicial y crear una llave SSH;
  • subir y descargar archivos con scp, sftp o clientes gráficos;
  • moverte dentro del sistema de archivos de Linux;
  • revisar el uso de disco, CPU, RAM y procesos;
  • ejecutar software mediante Apptainer;
  • enviar trabajos a Slurm con sbatch;
  • monitorear, revisar y cancelar trabajos;
  • recibir notificaciones básicas de tus análisis mediante Telegram.

Reglas generales de uso

CautionLas cuentas son personales e intransferibles

Las cuentas de usuario en BEAGLE son personales e intransferibles. No compartas tu contraseña, llaves SSH ni accesos con otras personas, incluso si pertenecen al mismo laboratorio o grupo de trabajo. Cada persona debe ingresar con su propia cuenta, ya que el uso del servidor queda asociado al usuario registrado.

ImportantBEAGLE es un recurso compartido

Evita ejecutar análisis pesados directamente en la terminal de acceso. Los análisis que consumen muchos recursos deben enviarse mediante Slurm usando sbatch.

WarningNo instales software en el sistema principal

En BEAGLE no se debe modificar el sistema operativo ni instalar programas globalmente con sudo. Para usar software especializado, utiliza Apptainer.

NoteSolicita solo los recursos necesarios

Al enviar trabajos con Slurm, pide una cantidad razonable de CPUs, memoria RAM y tiempo. Solicitar muchos recursos sin necesitarlos puede retrasar tus trabajos y afectar a otras personas usuarias.

Organización recomendada de proyectos

Una buena organización de carpetas evita confusiones y facilita encontrar errores. Para cada proyecto o análisis se recomienda usar una estructura similar a:

mi_proyecto/
├── datos/
├── scripts/
├── resultados/
├── logs/
└── metadata/

Donde:

  • datos/ contiene archivos de entrada, como FASTA, FASTQ, matrices, árboles o tablas;
  • scripts/ contiene scripts de Bash, R, Python o Slurm;
  • resultados/ contiene los archivos generados por los análisis;
  • logs/ contiene las salidas estándar y errores de los trabajos;
  • metadata/ contiene tablas de muestras, accesiones, parámetros o documentación adicional.

Cómo pedir ayuda

Cuando reportes un problema, incluye la mayor cantidad posible de información para facilitar el diagnóstico:

  • nombre de usuario en BEAGLE;
  • carpeta donde ocurrió el problema;
  • comando o script que ejecutaste;
  • mensaje de error completo;
  • ID del trabajo de Slurm, si aplica;
  • archivo .out y .err, si existen;
  • programa, ambiente o contenedor utilizado.

Para dudas generales, consulta la sección de contacto y soporte.